在施肥的过程中，有机肥或者微生物菌肥Zui普遍的就是作为基肥使用。用做基肥时，在施用有机肥条件下，应将生物菌肥与有机肥按1：500-1.5：500的比例混匀，抗重茬菌肥批发，用水喷湿后遮盖，堆腐3—5天，中间翻捣一次后施用。施用时要均匀施于垄沟内，抗重茬菌肥生产厂家，然后起垄;如不施用有机肥，以1千克生物肥拌30-50千克稍湿润的细土，驻马店抗重茬菌肥，均匀施于垄沟内，然后即起垄覆土。在水田或旱田也可均匀撒施于地表，然后立即耙入土中，不能长时间暴露在阳光下曝晒。
生物有机肥具有改善土壤生态环境和土壤微生物区系的作用，对减少农作物病虫害的发生具有重要作用。这是因为生物有机肥含有多种非致病微生物菌群，在微生物的生长和繁殖过程中具有竞争性抑制作用，并能分泌多种抗生素，杀虫剂和植物生素，不仅能抑制植物的活性。病原微生物在控制植物病害中起作用，可以刺激作物生长，发育根系，抗重茬菌肥报价，促进叶绿素，蛋白质和核酸的合成，提高作物的抗逆性。在我国现行的农业管理制度下，如长期连作，过度依赖化肥，不合理或过度使用，土壤微生物和土壤动物组成发展方向不利，不仅有害微生物数量上升，但也减少。土壤生物肥力水平可能值得关注和未来可持续发展的研究。微生物是生物肥力的核心，是土壤肥力不可或缺的核心组成部分。微生物的人工接种，即生物有机肥的应用，是维持和改善土壤肥力的有效手段。
调控好土壤的湿度对微生物菌肥的繁育也是很重要的。土壤含水量不足不利于生物菌的生长繁殖，但土壤在浇水过大，透气性不良，含氧量较少的情况下也不利于生物菌的生存，因为生物菌大都是好氧性，一般在土壤见干见湿时生物菌的生命活动Zui为活跃。因此，除调控好地温外，合理浇水也是一个重要的因素。一般情况下，浇水应选在晴天的上午进行，因这段时间内浇水有利于地温的恢复和棚内湿气的排除。浇水时要注意浇小水，切忌大水漫灌，浇水后应及时划锄，以增加土壤透气性，促进生物菌的生命活动。
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