抗球虫药的种类很多，如聚醚类离子载体抗生素有：莫能菌素、盐霉素、马杜拉霉素等；化学合成抗球虫药如磺胺类、植物碱类等。
有球虫病史和球虫病常发的地区可根据本地实际情况选择用药。用药时注意用药剂量及治疗疗程，科学合理预防与治疗用药。
（三）、正确使用疫苗防治为了彻底解决药物防治所带来的日益严重的耐药性及药物残留问题，人们逐渐找到了用疫苗预防鸡球虫病的办法。目前，用于鸡场计划免疫的球虫活苗有早熟、中熟、晚熟及早、中、晚熟系联合球虫苗四类。由中国农业大学推出的Einerivac球虫苗，系早、中、晚熟系联合球虫苗，安全、、价廉。
球虫活苗的免疫方法目前有滴口法、喷料法、饮水法及喷雾法等，以滴口法为，可确保免疫，但对于大鸡场则有些不便且应激大；喷雾法较适用于设备先进的孵化室，饮水法和喷料法是大鸡场较为适用的免疫方法。实践证明，采用球虫疫苗对鸡进行预防免疫将是非常有前景的一种方法，将为养鸡业的发展带来显著的经济效益和生态效益。
（四）中草药驱虫保健剂使用药物和疫苗由此产生的耐药性和药物残留问题始终未能得到根本解决。中草药驱虫保健剂、球虫免疫疫苗及从营养学角度控制鸡球虫病,为鸡球虫病的防治带来了新的曙光。
中草药驱虫保健剂，中草药作为驱虫保健剂,一般而言,其毒副作用和残留很小。可调动鸡体抗球虫能力,增强抗病力,促进生长发育,且不会产生抗药性,因而是一种很有发展前景的驱虫保健剂。
（五）、日粮处理控制鸡球虫病 通过调整日粮营养成分和利用生物酶来控制球虫病是防治球虫病的一种新方法，有着广阔的发展前景。
